医疗卫生是中南合作的重要优先领域，中南建交11年来合作成果丰硕。中国援建了位于伦拜克的基尔·马亚尔迪特妇女医院以及朱巴教学医院改扩建项目（一期），在基尔·马亚尔迪特妇女医院开展了两期技术合作，提供了多批医疗设备、物资和药品，改善了南苏丹医疗卫生基础设施和民生福祉。

    上世纪70年年代初，中国就在苏丹南部朱巴、瓦乌、马拉卡勒等地开展医疗救治活动。南苏丹独立次年，即2012年12月，中方即派出首批援南医疗队在南苏丹救死扶伤，10年来诊治了逾5.5万名患者。新冠疫情暴发后，中国是首个向南提供抗疫物资援助并派遣抗疫专家组的国家，帮助南应对新冠疫情。2022年中南开展对口医院合作机制，计划帮助培训医护人员，将医疗服务逐渐向南基层覆盖。

    中南在教育文化领域合作互动频繁。中国在南援建多所中小学校，为南培训了5000余名各领域专业人才，提供了近千个留学中国的奖学金名额。2018年，作为中国政府首个对外综合性教育援助项目，援南教育技术援助一期项目成功实施，上百万册中小学数学、科学、英语教材漂洋过海运抵朱巴，近15万名南苏丹师生从中受益，200余名南苏丹教师前往中国接受培训。2021年，中国援南苏丹教育技术援助二期项目启动实施，将为南小学编订、印刷英语、数学、科学教材、为中小学生提供学习用具和实验器材并为数百名一线教师和教育管理人员培训赋能。同时，还在首都朱巴设立了中文教学及中国语言学习中心，汉语教学及诸多文化活动增进了两国人民的交流，得到了南政府和广大师生的肯定和好评。